Cuối những năm 1980, Việt Nam chưa có bệnh viện có khả năng mổ tim hở, rất nhiều bệnh nhân đã không may qua đời. Giáo sư Dương Quang Trung đã sang Pháp gặp giáo sư Alain Carpentier để tìm sự hỗ trợ giúp Việt Nam xây dựng một cơ sở mổ tim hở. Sau nhiều khó khăn trong việc chứng minh đội ngũ bác sĩ trong nước có thể làm chủ kỹ thuật phẫu thuật tim hiện đại, người dân có đủ chi phí trang trải cho một ca phẫu thuật, cơ chế quản lý tài chính,...một biên bản hợp tác đã được ký kết vào ngày 12/07/1991 giữa Sở Y Tế TP.HCM và Hiệp Hội Alain Carpentier với sự chuẩn thuận của Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh, Bộ Y Tế đại diện cho Nhà nước Việt Nam và Đại sứ Pháp tại Việt Nam. Theo quyết định thành lập Viện Tim số 681/QĐ-UB ngày 30/11/1991 của Ủy ban Nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh, Viện Tim là đơn vị sự nghiệp y tế của Sở Y Tế Thành phố Hồ Chí Minh, tiếp nhận viện trợ kỹ thuật nhân đạo đặc biệt, hoạt động theo quy chế tự quản, tự cân đối thu chi không nhằm mục đích lợi nhuận, tiếp nhận những bệnh nhân có khả năng đóng góp và giúp đỡ cho những bệnh nhân nghèo. Cơ sở Viện Tim được xây dựng với chi phí tương đương 1 triệu USD do Sở Y Tế tài trợ, còn Hiệp Hội Alain Carpentier tài trợ hơn 3 triệu USD cho trang bị kỹ thuật và đào tạo đội ngũ phẫu thuật tim tại Pháp trong hai năm. Viện Tim được ra đời từ những khó khăn đó và phát triển đến nay[6].